低温清茬大曲按制曲原料来分主要有小麦和稻米。故分别称为麦曲和米曲。用稻米制的曲，种类也很多，如用米粉制成的小曲，用蒸熟的米饭制成的红曲或乌衣红曲，米曲(米曲霉)。

按原料是否熟化处理可分为生麦曲和熟麦曲。

按曲中的添加物来分，又有很多种类，如加入中草药的称为药曲， 加入豆类原料的称为豆曲(碗豆，绿豆等)。

按曲的形体可分为大曲(草包曲，砖曲，挂曲)和小曲(饼曲)，散曲。

按酒曲中微生物的来源， 分为传统酒曲(微生物的天然接种)和纯种酒曲(如米曲霉接种的米曲，根霉菌接种的根霉曲，黑曲霉接种的酒曲)。

现代大致将酒曲分为五大类，分别用于不同的酒。它们是:

麦曲，主要用于黄酒的酿造;

小曲，主要用于黄酒和小曲白酒的酿造;

红曲，主要用于红曲酒的酿造(红曲酒是黄酒的一个品种);

大曲，用于蒸馏酒的酿造。

麸曲，这是现代才发展起来的，用纯种霉菌接种以麸皮为原料的培养物。可用于代替部分大曲或小曲。迄今麸曲法白酒是中国白酒生产的主要操作法之一。其白酒产量占总产量的70%以上。