1、主要用途差异：

（1）酒曲从古至今总有把它和麦芽一起当做原料糖，用于生产制造酒、甜酒和豆酱等。

（2）酵母是一类自然发酵剂。酵母自溶物可当做肉类食品、果酱、汤菜、奶酪、面包食品类、蔬菜水果及调味品的防腐剂；在婴幼儿食品、健康产品中当做食品类营养强化剂。

2、归类差异：

1）酒曲：现代大概将酒曲分成五大类，分别用于差异的酒。这些是：麦曲，小曲，红曲，大曲，麸曲。

2）酵母：现阶段己知有1000多种酵母，按照酵母菌产生孢子（子囊孢子和担孢子）的能力，可将酵母分成三种：形成孢子的株系属于子囊菌和担子菌。不形成孢子但关键通过出芽生殖来繁殖的称为不完全真菌，或是叫“假酵母”（类酵母）。

3、菌种差异

1）酒曲用的是曲霉。在历经明显蒸制的大米中，放入曲霉的分生孢子，随后隔热保温，米粒上便会旺盛地生长发育出菌丝，此即酒曲。

2）酵母里的菌种也是酵母。酵母是一类单细胞真菌，并不是系统演变归类的单元。一类人眼看不到的细微单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，遍布于整个自然界，是一类典型的异养兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都可以生存。

酒曲